Я так понимаю, что вы уже сделали перепланировку без разрешения, это ведет административное наказание. И оформить документально Вы сможете только по решению суда, если ваша перепланировка не создает неудобств соседям, не угрожает вашей и ихней безопасности, то собрав необходимые документы, Вы сможете зарегистрировать ее документально.

Изначально надо было получить разрешение на перепланировку, а сейчас вы нажили себе проблем

на вас наложат штрафные санкции, попробуйте не говоря что уже сделали, получить разрешение